Les CPGE sont réparties en 3 grands pôles : un pôle scientifique et technologique, un pôle économique et commercial ainsi qu’un pôle littéraire.

Les classes préparatoires scientifiques et technologiques sont organisées en 4 filières :

• Mathématique et Physique ou MP (arrêté ministériel N° 456.02 du 5 juin 2004) ;
• Physique et Sciences de l’Ingénieur ou PSI (arrêté ministériel N° 458.02 du 5 juin 2004) ;
• Technologie et Sciences Industrielles ou TSI (arrêté ministériel N° 460.02 du 5 juin 2004) ;
• Biologie, Chimie, Physique et Sciences de la Terre ou BCPST (arrêté ministériel N° 2519.07 du 19 novembre 2007).

Les classes préparatoires économiques et commerciales offrent 2 options :

• Économie et Commerce, option Scientifique ou ECS (arrêté ministériel N° 462.02 du 5 juin 2004) ;
• Économie et Commerce, option Technologique ou ECT (arrêté ministériel N° 464.02 du 5 juin 2004).

Les classes préparatoires littéraires sont organisées en 1 filière :

• Lettres et Sciences Humaines ou LSH (arrêté ministériel N° 461.02 du 5 juin 2004).

La structure pédagogique des centres est déterminée en fonction du vivier de sélection (nombre de bacheliers de la zone de sélection) et de la capacité d’accueil de l’établissement. Celle-ci dépend en grande partie des locaux disponibles : salles d’enseignement général, laboratoire et salles spécialisées, internat. La structure minimale répond à des normes dont l’objectif est d’assurer une émulation suffisante au sein de l’établissement.

Pour la rentrée scolaire 2010-2011, la structure pédagogique des CPGE publics se présente comme suit :